無細胞蛋白表達技術在實際應用中也存在一些技術短板。由于反應體系缺乏活細胞的代謝調(diào)控機制，能量供應和原料再生效率較低，導致反應持續(xù)時間較短（通常只維持4-6小時），限制了蛋白產(chǎn)量的進一步提升。同時，該技術對反應環(huán)境高度敏感，溫度波動、氧化應激或污染物都可能影響蛋白合成效率，這對實驗操作的穩(wěn)定性提出了更高要求。此外，雖然CFPS能表達傳統(tǒng)細胞系統(tǒng)難以生產(chǎn)的毒性蛋白，但對于需要復雜折疊或多亞基組裝的蛋白（如某些膜蛋白或超大分子復合物），其成功率仍然有限。大腸桿菌裂解物??是經(jīng)濟的體外蛋白表達平臺。融合蛋白表達包涵體

中國在合成生物學領域的政策布局更側(cè)重細胞工廠（如微生物發(fā)酵），對無細胞蛋白表達技術這類技術的專項扶持較少。盡管《“十四五”生物經(jīng)濟發(fā)展規(guī)劃》提及無細胞合成，但配套資金和產(chǎn)業(yè)政策尚未細化，難以吸引資本大規(guī)模投入。此外，無細胞蛋白表達技術涉及多學科交叉（合成生物學、微流控、AI建模），國內(nèi)既懂技術又懂產(chǎn)業(yè)化的復合型人才稀缺。反觀美國，DARPA等機構通過“BioMADE”計劃資助無細胞蛋白表達技術的jun shi和民用轉(zhuǎn)化，而中國在類似頂層設計上的滯后，進一步拉大了與國際前沿水平的差距。多次跨膜蛋白表達修飾通過灌流式反應器將CHO細胞體外蛋白表達??周期縮短至72小時，單批次產(chǎn)量突破5g/L。

無細胞蛋白表達技術在藥物研發(fā)領域具有明顯優(yōu)勢，尤其適用于快速生產(chǎn)zhi liao性蛋白、抗體和疫苗抗原。例如，在COVID-19期間，研究人員利用CFPS在幾小時內(nèi)合成COVID-19刺突蛋白的RBD結(jié)構域，大幅加速了疫苗候選分子的篩選和驗證。此外，該技術可高效表達傳統(tǒng)細胞系統(tǒng)難以生產(chǎn)的毒性蛋白（如某些抗ai藥物靶點）或易降解蛋白（如細胞因子），并支持非天然氨基酸插入，為抗體藥物偶聯(lián)物（ADCs）的開發(fā)提供準確修飾平臺。相比哺乳動物細胞培養(yǎng)（通常需要1-2周），CFPS可在24小時內(nèi)完成從基因到蛋白的全流程，明顯縮短藥物發(fā)現(xiàn)周期。

國內(nèi)生物醫(yī)藥行業(yè)對CFPS的價值認知不足，傳統(tǒng)企業(yè)更依賴成熟的細胞表達系統(tǒng)（如CHO、大腸桿菌）。許多藥企認為無細胞蛋白表達技術只適用于“科研級小試”，對其在藥物開發(fā)（如ADC定點偶聯(lián)）、mRNA疫苗抗原快速制備等工業(yè)化潛力持觀望態(tài)度。同時，無細胞蛋白表達技術在復雜蛋白表達（如糖基化抗體）上的局限性也削弱了市場信心。相比之下，歐美已形成“CRO+藥企”的協(xié)同生態(tài)（如Moderna與CFPS服務商合作），而國內(nèi)缺乏此類模范案例，導致技術推廣缺乏驅(qū)動力。芯片級體外蛋白表達平臺在個性化醫(yī)療中尤為關鍵，能夠幫助指導靶向藥物選擇。

若需實現(xiàn)高階應用（如非天然氨基酸插入、膜蛋白合成），無細胞蛋白表達技術復雜度會明顯提升。例如，插入Azidohomoalanine需定制正交tRNA合成酶體系，且需優(yōu)化反應中nnAA與天然氨基酸的比例；表達膜蛋白時則需添加脂質(zhì)體或納米盤以維持蛋白折疊。此類實驗往往涉及多學科知識（合成生物學、生物化學），并依賴特殊設備（如微流控芯片工作站）。不過，隨著商業(yè)化試劑盒（如Thermo的PUREfrex2.0）和自動化平臺（如ArborBio的AI優(yōu)化系統(tǒng)）的普及，部分操作正趨于標準化，降低了技術門檻。合成生物學利用體外蛋白表達構造??無細胞代謝網(wǎng)絡??。差異蛋白表達濃度

無細胞體系的開放性??允許直接添加非天然氨基酸，擴展了??體外表達蛋白??的化學多樣性。融合蛋白表達包涵體

從實驗室走向產(chǎn)業(yè)化，無細胞蛋白表達技術還面臨多重障礙。規(guī)模化生產(chǎn)時，反應體系的均一性和重復性難以保證，且大規(guī)模制備高活性裂解物的成本效益比仍需優(yōu)化。在下游純化環(huán)節(jié)，由于反應混合物中含有大量核酸、酶和其他細胞組分，目標蛋白的分離純化步驟比傳統(tǒng)方法更復雜。此外，目前大多數(shù)CFPS工藝仍處于分批反應模式，連續(xù)化生產(chǎn)設備的開發(fā)滯后，限制了其在工業(yè)流水線中的應用潛力。盡管存在這些挑戰(zhàn)，隨著微流控技術、人工智能優(yōu)化反應條件等新方法的引入，CFPS技術正在逐步突破這些產(chǎn)業(yè)化瓶頸。融合蛋白表達包涵體